高通量测序分析乳腺癌微生物群落特征

作者：常靖; 杨慧; 李想; 李永; 杨淑敏; 夏庆欣; 张贺^*

来源：中华实验外科杂志, 2023, 40(10).

• 肿瘤微生物
• 16S rDNA
• 乳腺癌
• 多样性

目的分析乳腺癌患者肿瘤组织与癌旁组织微生物菌群多样性, 筛选乳腺癌患者肿瘤组织中的特异性细菌。方法分析2021年2月至9月河南省肿瘤医院行乳腺癌根治术切除的20例乳腺癌患者的肿瘤组织(TT组)与配对瘤旁组织(TN组), 采用Illumina HiSeq高通量测序技术对乳腺癌患者组织样本进行细菌V3-V4区的16S rDNA测序及生物信息学分析, 采用t检验进行计数资料比较。结果在门水平上, TT组与TN组的微生物菌群主要由变形菌门、放线菌门、厚壁菌门和拟杆菌门组成, 累计含量>60%。微生物多样性分析显示, Chao1指数TN组比TT组为10 167.59±2 929.38比9 044.89±2 735.11(t=1.09, P>0.05), Ace指数TN组比TT组为12 571.96±2 859.65比11 704.53±2 855.75(t=0.81, P>0.05)。Beta多样性显示两组菌群结构差异有统计学意义(R=0.27, P<0.001)。门水平差异分析显示, 变形菌门(TN组比TT组为42.63±16.76比52.08±9.53, t=-0.65)、放线菌门(TN组比TT组为6.13±2.55比9.02±1.77, t=-1.03)等在癌组织中明显增加(P<0 .05), 厚壁菌门(TN组比TT组为10.62±9.40比4.40±0.95, t=3.41)等明显减少(P<0 .05)。线性判别分析(LDA)显示TT组中α变形菌纲、根瘤菌目、和变形菌门等为显著性差异菌, 而TN组中链球菌属和假单胞菌属等为显著性差异菌。结论乳腺癌患者癌组织与癌旁组织的微生物群落结构存在明显差异, 其中假单胞菌属、链球菌属等为差异微生物有助于筛选标志物。

• 单位
  生命学院; 郑州大学; 西北工业大学; 河南省肿瘤医院