基于简化基因组测序的树莓(Rubus corchorifolius)遗传分析

作者：杨光; 孙兰英^*; 段亚东; 周双; 张鹍; 宋鹏慧

来源：分子植物育种, 2019, 17(22): 7338-7343.

DOI：10.13271/j.mpb.017.007338

• 树莓(Rubus corchorifolius)
• 简化基因组
• 测序
• 遗传分析

为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近,分析群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。本试验选用23份栽培种树莓利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序,以黑树莓(Rubus occidentalis)基因组为参考基因组进行酶切预测,对照选择粳稻(Oryza sativa spp. japonica)品种日本晴的测序数据进行比对分析。本研究共获得59.93 Mb的读长数据,读长范围在1 960 847～5 046 748之间,对照数据的双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,测序质量值Q30平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,共获得425 402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121 610个。获得749 811个有效单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP),利用这些SNP对23份树莓材料完成系统进化树,群体的PCA分析,从群体结构分析结果发现这23份树莓都来源于同一祖先,只是在生长发育过程中发生了遗传分化。

• 单位
  黑龙江省农业科学院