鲫鱼(Carassius auratus)表达序列标签资源的SSR构成与分布分析

作者：杨曦

来源：生物技术通报, 2012, (11): 139-143.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2012.11.016

• 鲫鱼
• 表达序列标签
• EST-SSR Carassius auratus Expressed sequence tag(EST) EST-SSR

分析鲫鱼EST资源的SSR信息,为开发EST-SSR标记奠定基础。从GenBank中获得鲫鱼EST序列,然后用Sequencher 4.8软件进行序列拼接得到Uni-EST序列,再通过SciRoKo 3.4软件扫描Uni-EST序列中的SSR,最后得出EST-SSR的分布特征、频率和重复基元类型等特征。通过搜索共获得9 230条鲫鱼EST原始序列,通过使用计算机软件进行预处理共得到全长为3.81×106bp的无冗余Uni-EST 7 092条。在这些序列中共搜索出597个SSR位点,分布在545条Uni-EST序列中,发生频率为8.13%,EST-SSR的平均长度为(19.34±6.23)bp...

• 单位
  广东省微生物研究所