纳米孔三代测序在HIV/AIDS合并肺部感染者快速病原学鉴定的应用价值探讨

作者：邓浩辉; 刘惠媛; 高洪波; 陈伟烈^*

来源：转化医学杂志, 2021, 10(01): 45-56.

• 测序技术
• 获得性免疫缺陷综合征
• 肺部感染

目的通过对人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征(Human Immunodeficiency Virus/Acquired Immunedeficiency Syndrome,HIV/AIDS)合并肺部感染者纤维支气管镜肺泡灌洗液样本进行研究,探讨纳米孔三代测序(Oxford Nanopore Technologies)对样本快速病原学鉴定的准确性。方法本研究共纳入2例HIV/AIDS合并肺部感染并留取肺泡灌洗液样本的患者,使用纳米孔三代测序对样本DNA进行测序,提取不同时间点的测序数据进行生物信息学分析,并与常规病原体检查和二代测序(Illumina)等方法进行比较,评价纳米孔三代测序对样本快速病原学鉴定的准确性。结果本研究纳入的患者A常规病原学检查和二代测序的结果均提示铜绿假单胞菌感染,纳米孔三代测序仅需1 h测序数据即发现样本中存在铜绿假单胞菌的基因序列;患者B常规病原学检查和二代测序的结果均提示肺炎克雷伯杆菌,屎肠球菌和结核分枝杆菌混合感染,纳米孔三代测序1 h的测序结果即可检测出肺炎克雷伯杆菌和屎肠球菌的基因序列,6 h的测序结果即可检测出结核分枝杆菌的序列。因此,加上对肺泡灌洗液样本处理、DNA文库构建和生物信息学分析的耗时(合计约2 h),仅需8 h左右即可检测出上述样本的致病微生物。结论纳米孔三代宏基因组测序可对HIV/AIDS合并肺部感染者进行快速病原微生物鉴定,其准确性与常规病原学检查和Illumina二代测序的结果一致。

• 单位
  广州市第八人民医院