病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

作者：徐晖; 张漫; 刘平平; 潘阳; 李夫; 冯兆民; 崔淑娟; 吕冰; 梁志超; 沈玲羽; 王全意; 张代涛^*

来源：国际病毒学杂志, 2023, 30(04).

• 新型冠状病毒
• 病毒载量
• 高通量测序
• 数据分析
• 日常监测

目的评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)全基因组测序准确性的影响, 为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理, 同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证, 通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量, 病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响:当Ct值≤32时, 病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著, 能够达到全基因组测序目的;当Ct达到38时, 覆盖率急剧下降至50%以下, 无法测到病毒的基因组全长。结论通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响, 我们建议选取Ct值≤32的样本, 产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。

• 单位
  北京市疾病预防控制中心