赤红球菌甲苯胁迫响应蛋白基因的克隆、生物信息学分析和表达变化研究

作者：张帆; 袁媛; 曾艳; 付薇; 彭仁^*

来源：江西师范大学学报(自然科学版), 2022, 46(02): 140-146.

DOI：10.16357/j.cnki.issn1000-5862.2022.02.05

• 赤红球菌
• 有机溶剂胁迫
• 荧光定量PCR
• 生物信息学

从赤红球菌SD3中克隆了一个甲苯胁迫响应蛋白基因tsrp1,该基因长度为417 bp,在GenBank的登录号为MK371001.该基因编码的蛋白质Tsrp1由138个氨基酸残基组成，理论分子量为14.2 kDa,理论等电点为4.82,不稳定系数为18.68,总平均疏水指数为-0.154,属于酸性稳定的亲水蛋白.Tsrp1无信号肽和二硫键、无跨膜区、无保守结构域，存在于细胞质中.在R.ruber SD3中Tsrp1蛋白与R.rhodochrous、R.zopfii、R.pyridinivorans、R.hoagii、M.brevis和C.manganitolerans中的序列相似蛋白的相似性分别为94.93%、71.29%、67.96%、44.58%、42.05%和35.00%.通过分子对接发现Tsrp1与c-di-GMP存在相互作用.在甲苯和苯酚胁迫下，在赤红球菌SD3中tsrp1基因的表达分别为原来的40.19倍和14.73倍.

• 单位
  江西师范大学; 生命科学学院