甲基化芯片筛选结核感染相关基因及后续验证

作者：陈豪; 张晶雅; 胡雪姣; 陆小军; 王军; 周燕虹; 应斌武; 周静^*

来源：四川大学学报（医学版）, 2018, 49(05): 731-775.

DOI：10.13464/j.scuxbyxb.2018.05.009

• 结核分枝杆菌
• DNA甲基化
• 甲基化芯片
• 焦磷酸测序技术
• 活动性结核病

目的筛选活动性结核患者DNA甲基化水平显著变化的基因并进行验证。方法 (1)纳入年龄与性别匹配的9例活动性结核患者、3例潜伏性结核患者和3例健康对照,将人血中单个核细胞DNA与芯片杂交,比较结核组与健康组的甲基化差异基因,并对差异基因进行GO功能和Pathway功能分析,以及与表达芯片进行联合分析;(2)收集年龄与性别匹配的活动性结核与健康对照各60例,分别提取全血DNA,使用焦磷酸测序方法对甲基化芯片预测出的结核病相关基因(TLR1、TLR2、TLR4)进行甲基化程度检测。结果 (1)活动性结核患者与健康对照对比,大部分呈现甲基化下调状态,GO分析和Pathway分析结果显示,甲基化差异基因的功能主要富集在白细胞分化、凋亡、自噬、细胞因子调节及炎症反应等与结核密切相关的生物过程中;(2)待验证的3个基因TLR1、TLR2、TLR4包含10个CpG位点,其中TLR1基因的CpG1位点(P<0.001)呈现高甲基化状态,TLR4基因的CpG2位点(P=0.012)呈现低甲基化状态。结论在结核分枝杆菌感染过程中存在基因组DNA的甲基化状态改变,以低甲基化变化为主。其中TLR1基因呈现高甲基化状态,TLR4呈现低甲基化状态,提示上述基因可能在结核病的发生发展过程中具有一定的作用。

• 单位
  四川大学华西医院