一种聚乙烯醚羧酸盐双水相萃取螺旋藻藻蓝蛋白的分离技术,属于生化分离工程技术领域。本发明步骤为:聚乙烯醚羧酸盐的制备;双水相萃取藻蓝蛋白;藻蓝蛋白水溶液进浓缩和冷冻干燥后获得藻蓝蛋白粉;蛋白回收率可达70~90%。该方法简单,对螺旋藻破壁液直接使用聚乙烯醚羧酸盐进行富集分离,简化了纯化过程的步骤,选择性高,分离得到的藻蓝蛋白的光谱纯度达到A620/A280>2.7。原料可采用螺旋藻鲜藻或干藻粉,从而提供了一种解决螺旋藻资源高值规模化利用的技术方法。