加权共表达网络分析在肝癌环状RNA研究中的应用

作者：王俐勇; 赵焕英; 付文卓; 杨予涛^*

来源：医学信息(上旬刊), 2023, 36(04): 1-6.

DOI：10.3969/j.issn.1006-1959.2023.04.001

• 环状RNA
• WGCNA
• 肝癌

目的 应用加权基因共表达网络分析（WGCNA）研究肝癌组织中环状RNA，以期寻找合适的生物标志物作为肝癌临床诊断指标。方法 从GEO数据库下载肝癌数据，通过WGCNA方法深入挖掘分析得到与肝癌发展密切相关的环状RNA，并结合环状RNA-miRNA-mRNA互作数据库筛选靶向miRNA和基因，利用Kaplan-Meier plotter数据库库筛选出来circRNA靶向的microRNA进行生存分析验证，通过DAVID软件对靶向基因进行功能富集分析。结果 共检测到3032个circRNA分子；应用WGCNA方法共得到7个模块，其中Turquoise模块与肝癌组织呈正相关（P<0.05）;Turquoise模块中circRNA表达量在肝癌组织中均表达上调，且经过在线数据库比对筛选得到2个环状RNA分子（hsa＿circ＿0064324和hsa＿circ＿0040827）,Pathway富集分析显示，这些靶向基因富集在鞘磷脂信号通路、癌症蛋白聚糖、血小板活化通路、胰腺癌通路、神经胶质细胞瘤、FoxO信号通路、癌症中胆碱代谢通路等多个和癌症相关的通路上。肝癌细胞系中hsa＿circ＿0064324和hsa＿circ＿0040827均表达上调，且Kaplan-Meier生存分析发现，hsa-miR-146b-3p、hsa-miR-331-3p、hsa-miR-874-3p和hsa-miR-942-3p高表达与肝癌总体生存期呈负相关（P<0.05）。结论 WGCNA方法筛选得到的环状RNA可能作为肝癌临床诊断生物标志物，有助于揭示肝癌发病机制，为研发药物和治疗诊断提供新依据。

• 单位
  中心实验室; 基础医学院; 首都医科大学