本发明涉及一种基于优化的滤波器耦合矩阵提取方法,包括:获取微波滤波器带有加载相移的散射参数值;构建优化变量,并对优化变量进行初始化;根据优化变量,构建带有权重的目标函数;根据目标函数计算得到梯度信息,根据梯度信息,利用Gauss-Newton优化算法对优化变量进行优化更新,根据优化变量的优化结果,提取得到微波滤波器的耦合矩阵。本发明的基于优化的滤波器耦合矩阵提取方法,需去除加载相移的影响,提取出来的耦合矩阵准确度高,可用于微波滤波器的调试。