肺结核相关miRNA的生物信息学分析

作者：黄继康; 刘斌^*

来源：智慧健康, 2020, 6(34): 1-18.

DOI：10.19335/j.cnki.2096-1219.2020.34.001

• 肺结核
• microRNA
• 生物信息学分析

目的应用生物信息学方法,对肺结核miRNA表达谱详细分析,筛选出具有差异性的miRNA并对其靶基因进行预测,同时对相应靶基因的生物学功能进行分析。方法下载GEO数据库肺结核miRNA表达谱芯片数据GSE34608,应用R软件对数据进行处理分析,筛选差异表达miRNA;应用TargetScanHuman网站预测其靶基因;采用FunRich软件进行生物功能富集分析;String、Cytoscape软件则用来构建靶基因的蛋白-蛋白互作网络以及筛选Hub基因,使miRNA-Hub gene网络进一步构建完善。结果 GSE34608芯片数据共筛选出253个差异表达的miRNAs,在肺结核患者外周血中表达上调的201个,下调的52个。预测上调幅度和下调幅度最显著的两个miRNA的靶基因1450个,它们参与了内皮素信号通路,VEGF信号通路,磷脂酰肌醇聚糖1等信号通路等。在PPI网络中,靶基因连通度最高的前十位的Hub基因,如STAT6等。构建的miRNA-Hub gene网络表明大部分hub基因都可能被has-miR-144和hsa-miR-768-3p调控。结论通过生物信息学方法分析肺结核患者和健康人群外周血的差异表达miRNAs,最终筛选出2个差异显著的miRNA和10个关键的Hub基因,为进一步研究肺结核的分子标志物和机制提供了新的方向和依据。

• 单位
  暨南大学附属顺德医院