三种人全外显子组捕获探针的性能比较

作者:刘菲菲; 孙明明; 胡昌明; 欧小华; 赵薇薇*
来源:中华临床实验室管理电子杂志, 2020, 8(01): 18-25.

摘要

目的比较不同平台3个全外显子组探针的性能,为以后建立标准流程提供数据支撑。方法提取人EDTA全血或FFPE组织gDNA,通过酶切方法将gDNA片段化,并为每一个样本的片段化后的DNA加上特异序列的接头,利用IDT、Human Exome和MedExomed三种不同的液相探针的方法将目标基因捕获出来,用Illumina的NextSeq 500二代测序仪进行测序;分析测序数据,比较不同捕获探针的靶向覆盖率、捕获特异性、变异检出能力等。结果本研究所选入组的3种探针,IDT和MedExome展示了对CCDS和Refseq数据库很好的覆盖率(均> 95%);都表现了对靶区域很高的覆盖率(均> 99%);IDT探针对血样gDNA捕获特异性(76.96%±0.75%,n=6),明显高于Human Exome (67.63%±1.62%,n=6)(P <0.001);IDT对FFPE标准品捕获特异性为84.48%±0.64%(n=3),明显高于MedExome的71.07%±0.91%(n=3)(P <0.01)。变异输出数量上,Human Exome最高。结论 IDT探针的捕获特异性明显高于其它2种,而在变异输出数量上,Human Exome探针最高。