口腔白斑病组织中环状RNA的差异表达谱分析

作者：徐思明; 宋雨翰; 邵彦雄; 陶岚^*; 周海文^*

来源：口腔疾病防治, 2021, 29(05): 296-305.

• 环状RNA
• 口腔白斑病
• 癌前病变
• 高通量测序
• 差异表达谱
• ceRNA
• miRNA
• circHLA-C
• 上皮异常增生

目的探讨环状RNA(circRNA)在口腔白斑(oral leukoplakia,OLK)组织及正常口腔黏膜组织(normal oral mucosal,NOM)中表达谱的差异及临床意义。方法采用高通量测序技术检测6对OLK和NOM组织中差异表达circRNA,利用qRT-PCR验证所筛选的10个circRNA在6对OLK与NOM组织中的表达情况。通过酶耐受实验和sanger测序验证目标circRNA成环情况,对20对OLK与NOM组织中目标circHLA-C进行qRTPCR验证。分别使用UCSC基因组浏览器对circHLA-C进行可视化分析;利用GO和KEGG富集分析对差异表达circRNA进行功能分析;TargetScan、MiRanda预测目标circRNA下游miRNA、mRNA,并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。结果测序数据显示OLK组织中共有366个显著差异表达的circRNA,包括65个上调和301个下调circRNA。经qRT-PCR验证,筛选的10个circRNA中有7个表达结果同测序一致。且经酶耐受和sanger测序验证,确定上调的circHLA-C是具有反式剪接位点的真正的circRNA。相关性分析显示circHLA-C与OLK的异常增生程度呈正相关。ROC曲线分析提示circHLA-C具有诊断OLK的潜在价值,且具有较高的准确性和特异性。结论 circRNA在OLK组织中异常表达,上调的circHLA-C表达可能与OLK异常增生程度相关,对OLK诊断具有指导价值。

• 单位
  上海市口腔医学研究所; 上海交通大学医学院附属第九人民医院