产黑普氏菌刺激原代人口腔角质细胞的时间序列基因表达谱研究

作者：邵如如; 郑章龙; 徐盼; 郭艺婷; 何园^*

来源：同济大学学报(医学版), 2023, 44(05): 640-647.

• 产黑普氏菌
• 人口腔角质形成细胞
• 时间序列分析

目的 基于时间序列分析，研究产黑普氏菌(Prevotella melaninogenica,Pm)刺激原代人口腔角质形成细胞(primary human oral keratinocytes, pHOKs)后基因表达的时间趋势，以探究Pm与pHOKs相互作用的潜在机制。方法 利用生物信息学方法分析pHOKs分别与Pm共培养4、24 h后的高通量测序结果，使用Mfuzz聚类算法将具有相似时间表达模式的基因划分聚类，并进行GO、KEGG以及STRING网络分析，进一步利用Cytoscape软件取交集得到枢纽基因(Hub基因)。采用实时荧光定量PCR检测Hub基因的表达。结果 Pm刺激pHOKs 4、24 h分别有1 456个和1 386个差异表达基因。通过Mfuzz将其划分为3个聚类，其中簇1基因随时间延长其表达呈现下降的趋势，主要参与上皮细胞分化和上皮细胞向间充质细胞转化等生物学过程；簇2基因随时间延长其表达呈现上升的趋势，主要参与细菌感染、视黄醇代谢等过程；簇3基因表达在刺激前期上调、后期下调，主要参与细胞因子相关信号通路等过程。在PPI网络中筛选出簇1 Hub基因为VEGFA、GDNF;簇2中的Hub基因为PTGS2、ICAM1等；簇3中的Hub基因为IL-6、CCL2等。RT-qPCR检测结果显示，VEGFA、PTGS2、IFIT1、IRF1与测序数据中随着时间延长基因的表达趋势一致。结论 本研究对Pm刺激pHOKs过程中相关生物学分子的动态模式进行了深度挖掘，发现与视黄醇代谢相关的基因以及负调控EMT的基因在OLP中异常表达，Pm入侵上皮细胞后可能通过一些适应性机制逃避免疫监视，该发现有助于进一步探究Pm在口腔扁平苔藓中的致病机理。

• 单位
  同济大学附属口腔医院; 同济大学