粤港澳大湾区的发展对标世界三大著名湾区:纽约湾区、旧金山湾区、东京湾区,但又与世界三大湾区有很大的不同。在面临巨大发展机遇的同时,也面对诸多挑战。《粤港澳大湾区发展规划纲要》指出,在"一国两制"下,粤港澳社会制度不同,法律制度不同,分属于不同关税区域,市场互联互通水平有待进一步提升,生产要素高效便捷流动的良好局面尚未形成。大湾区内部发展差距依然较大,协同性、包容性有待加强,部分地区和领域还存在同质化竞争和资源错配现象。