草酸转运基因变异的分子结构分析

作者：李媛媛; 高兵^*

来源：国际遗传学杂志, 2018, 41(03): 162-167.

• SLC26a6
• 分子动力学
• nsSNP

目的评估草酸转运SLC26a6基因rs184187143位点变异的分子结构改变。方法从NCBI基因数据库获得人类SLC26a6基因序列,nsSNP信息从NCBI dbSNP数据库获得,同源建模SLC26a6的STAS结构域并评估建模质量,构建rs184187143野生型和突变型的STAS结构域,用GROMACS 4.6.4软件运行分子动力学模拟100 ns。分析轨迹文件指标包括均方根偏差(root mean square deviation,RMSD),均方根涨落(root mean square fluctuation,RMSF),溶剂可及表面积(solvent accessible surface area,SASA)和回转半径(radius of gyration,Rg)。结果 SLC26a6蛋白的STAS结构域二级结构有4个α螺旋和6个β片层,致病性突变G539R定位在α螺旋1的近端。野生型的RMSD在100 ns时的值低于变异型(P=0.02),RMSF未显示有明显构象变化,SASA值比变异型更高,Rg曲线比变异型处于较低的位置。主成分分析显示野生型STAS结构域比变异型覆盖更大的区域。结论与野生型相比G539R变异型导致STAS结构域稳定性和弹性减弱。

• 单位
  沈阳医学院