肠球菌菌种鉴定方法的探索

作者：白一波; **超; 焦一帆; 周娟; 张思慧; 杨晶; 刘丽云; 徐建国^*

来源：疾病监测, 2021, 36(05): 462-467.

• 肠球菌
• rpoA基因
• 16S rRNA基因
• 生化鉴定
• 基因组杂交技术
• 平均核苷酸相似度

目的选择一种能将肠球菌属鉴定到种水平的快速准确的方法。方法分别使用生化鉴定方法、16S rRNA基因测序技术、rpoA基因测序技术、基因组杂交技术(DNA–DNA hybridization,DDH)和平均核苷酸相似度(Average nucleotide identity,ANI)对12株肠球菌进行种水平鉴定,并比较生化鉴定方法、16S rRNA基因测序技术和rpoA基因测序技术和DDH/ANI结果的一致性。结果经过DDH和ANI鉴定,分离自高原野生岩羊粪便的12株肠球菌中有5株屎肠球菌,4株海氏肠球菌,1株蒙氏肠球菌,1株鹑鸡肠球菌和1株疑似肠球菌属内新种,rpoA基因序列比对结果与DDH/ANI结果高度一致,生化鉴定和16S rRNA基因测序技术与DDH/ANI结果不完全相符。结论 rpoA基因序列比对可以方便快捷准确的将肠球菌鉴定到种水平。

• 单位
  传染病预防控制国家重点实验室; 山西医科大学; 公共卫生学院; 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所