基于基因芯片数据的精原细胞瘤生物信息学分析

作者：瞿根义; 汤乘; 徐勇^*; 阳光; 段红桃; 王佳威; 向茂林

来源：中国男科学杂志, 2020, 34(04): 21-31.

• 精原细胞瘤
• 基因
• 生物信息学

目的利用生物信息学分析精原细胞瘤基因表达芯片,探索用于精原细胞瘤诊断、治疗和预后的潜在候选基因。方法从GEO database下载精原细胞瘤相关的基因芯片数据GSE8607,利用R软件及affy、limma、ggplot2等R程序包筛选差异表达基因,结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行调控网络分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba进行Hub基因筛选。结果共筛选出精原细胞瘤相关的差异表达基因1142个,其中表达上调基因687个,表达下调基因455个,对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,获取关键通路,利用在线生物信息学工具STRING构建PPI网络,使用Cytoscape软件中的Cytohubba获取PPI网络中前10位Hub基因,分别是C3AR1、PENK、ADORA1、P2RY14、ADCY7、CCL5、CCR5、CCL4、CCL19、CCR7。对这些关键基因进行文献挖掘,发现这些基因可能与精原细胞瘤的发生发展有关。结论应用生物信息学能有效分析基因芯片数据,寻找到精原细胞瘤相关的关键基因,为精原细胞瘤的早期诊断、治疗以及疾病预后提供了新的线索。

• 单位
  中南大学湘雅医学院