宏基因组测序技术在发热患者咽部微生物菌群研究中的应用

作者：郭玉梅; 张玉兰; 蒋瑞萍; 秦丽云; 高伟利; 李俊平

来源：中国热带医学, 2022, 22(07): 678-684.

DOI：10.13604/j.cnki.46-1064/r.2022.07.17

• 宏基因组测序
• 发热
• 微生物菌群

目的 通过宏基因组高通量测序分析，研究不同发热患者咽部微生物菌群多样性。方法 采用随机法选取2020年1—4月石家庄市五所医院发热门诊就诊21例发热患者作为实验组，选取同期10例健康人作为对照组，采集咽拭子样本并提取核酸，应用Illumina测序平台进行宏基因组测序并进行微生物菌群分析。结果 实验组共获得1 716 802 816条优质序列，鉴定出4 079个物种，归属于97个门，951个属。实验组和对照组咽部微生物菌群分析显示，在门水平上，梭杆菌门和厚壁菌门在对照组中升高，拟杆菌门在实验组中升高；在纲水平上，梭杆菌纲和梭菌纲在对照组中升高，拟杆菌纲在实验组中升高；在目水平上，拟杆菌目在实验组中升高；在科水平上，瘤胃菌科在对照组中升高，拟杆菌科、理研菌科、阿克曼氏菌科、红细菌科和火色杆菌科在实验组中升高；在属水平上，拟普雷沃菌属、拟杆菌属、理研菌属、副拟杆菌属等在实验组中升高，瘤胃球菌属在对照组中升高；在种水平上，紫单胞菌科细菌（Porphyromonadaceae bacterium KA00676）、两个拟杆菌属（Bcteroidales bacterium Barb7, Bcteroidales SP. CAG:702）、五个普雷沃氏菌（CAG:617、CAG:755、CAG:732、CAG:924、CAG:1031）、卟啉单胞菌KLE1280、甲烷囊菌属的PtaU1.Bin060等在实验组中升高。实验组差异物种有消化链球菌、拟杆菌、科马加泰杆菌、明串珠菌、支原体、假棒状杆菌等。耐药基因主要为β-内酰胺酶类。结论 发热患者咽部有复杂的微生物菌群结构，本研究表明咽部菌群结构会对机体发热有显著影响。

• 单位
  石家庄市疾病预防控制中心; 石家庄市第二医院