多重数字PCR平台检测cfDNA突变在NSCLC患者中的应用评估

作者：周小匀; 彭颖斐; 周琰^*; 陈馨宁; 潘柏申; 王蓓丽; 郭玮

来源：临床检验杂志, 2023, 41(09): 641-645.

DOI：10.13602/j.cnki.jcls.2023.09.01

• 非小细胞肺癌
• 表皮生长因子受体
• 数字PCR
• 性能验证
• 临床评估

目的 基于多重数字PCR(dPCR)技术检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆游离DNA(cfDNA)中表皮生长因子受体(EGFR)基因突变，评估其检测性能及临床应用价值。方法 选取不同浓度EGFR-19Del、L858R、T790M突变的质粒样本作为研究对象，对基于多重dPCR的新平台进行性能验证(包括检测精密度、灵敏度、空白限与线性范围)。收集2019年6月至2020年11月复旦大学附属中山医院呼吸科确诊的49例NSCLC患者标本，采用多重dPCR和Super-ARMS方法分别检测cfDNA标本中EGFR基因突变水平，使用卡方检验比较两组间的差异，并进一步比较检测结果的一致性。结果 多重dPCR平台检测L858R、19Del、T790M 3种常见突变，在10%、5%、1%的检测精密度均达到厂商声明的CV<15%;对于3种常见突变位点在不同检测限(0.5%、0.1%、0.05%)的检测均报告阳性。L858R、19Del、T790M突变的检测空白限分别为0.038 2、0.000和0.053。T790M、19Del、L858R突变百分比在0.05%～10%(0.05%、0.1%、0.5%、1%、10%)时，实测值与预期百分比的线性回归方程中的R2值分别为0.997 7,0.995 4和0.998 4,P<0.01,相关性显著。49例临床样本中，基于多重dPCR与Super-ARMS技术检测S768I、G719X、19Del、T790M、20ins、L858R突变的方法总符合率分别为100%、100%、100%、97.96%、93.62%和89.80%。两方法检测L858R(χ2=0.425,P>0.05)、T790M(χ2=0.089,P>0.05)、19Del(χ2=0,P>0.05)、20ins(χ2=0.211,P>0.05)结果差异均无统计学意义。结论 多重dPCR新平台检测cfDNA EGFR基因常见突变的性能较好，在评估突变丰度中具有优势，可为肿瘤精准治疗提供实验依据。

• 单位
  复旦大学附属中山医院