基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析

作者：陈亘浓; 黄河清; 张博茹; 张科; 马新平; 李凯

来源：环境昆虫学报, 2018, (06): 1219-1224.

• 黑腹胃蝇
• 转录组
• 高通量测序
• 微卫星 Gasterophilus pecorum
• transcriptome
• high-throughput sequencing
• microsatellite

黑腹胃蝇是中国新疆荒漠地区马科动物马胃蝇蛆病最主要的病原体。本研究基于已获得的黑腹胃蝇的转录组数据,利用MISA软件(1. 0版)对黑腹胃蝇转录组中1 kb以上的Unigene进行SSR位点分析。在黑腹胃蝇转录组25 847条Unigenes中筛选得到SSR总数为12 187个,存在于8 037条Unigenes当中,出现频率为31. 09%。微卫星的序列中单碱基(38. 39%)和三碱基(33. 45%)为优势重复类型。研究共发现103种重复基元,出现最多的为A/T (37. 52%),其次是AC/GT (13. 10%)。由三碱基构成的SSR基元占比较多,分别为15 bp (20. 94%...

• 单位
  北京林业大学