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摘要
模体发现是生物信息学的核心问题之一,对于研究基因表达的调控机制有着极为重要的生物意义。植入(l,d)模体发现(Planted (l,d) motif search,PMS)是模体发现领域中一个广为接受的问题模型。本文主要研究了4个基础的算法解决模体发现问题,这些算法可以帮助人们理解模体发现问题。4个精确算法主要包括:(1)实现基于候选模体实例字符串深度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PMS问题。(2)实现基于候选模体字符深度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PM S问题。(3)实现基于候选模体字符广度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PM S问题。(4)实现PM SP算法。
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