基于线粒体基因的新疆托氏兔遗传多样性和种群遗传结构评价

作者：米热姑丽·麦麦提; 周世玉; 刘鹏; 孟阳; 聂文悦; 滕培晨; 单文娟^*

来源：畜牧兽医学报, 2022, 53(01): 112-121.

• 新疆托氏兔
• CO1
• D-LOOP
• 遗传多样性
• 遗传结构

旨在利用线粒体基因测序方法评价新疆托氏兔的遗传多样性水平,并探究亚种间的遗传结构。本研究通过PCR扩增及测序技术,获得来自新疆北部、西北部以及中东部地区的共计78例新疆托氏兔线粒体DNA的CO1和D-LOOP基因序列,并采用生物信息学的方法进行数据分析。结果表明,78个新疆托氏兔样本的合并序列共定义了68种单倍型,新疆托氏兔的单倍型多样性(h=0.996±0.002)和核苷酸多样性(π=0.049±0.023)均较高;系统发育关系和单倍型中介网络图显示,本研究中的托氏兔样本被分成3个大枝(Clade A-C),其中Clade A和C包含绝大多数来自新疆北部和西北部组群的野兔,即托氏兔西域亚种,Clade B中的野兔绝大多数来自新疆中、东部地区,即托氏兔中亚亚种,除小部分样本较为混杂,其余样本的聚类情况与其分布范围和地理距离相吻合;AMOVA分析、Fst以及基因流结果显示,新疆托氏兔亚种间遗传分化较大、基因流较小,亚种内遗传分化相对较小、基因流相对较大。中性检验结果显示,新疆托氏兔群体Tajima`D值为1.075(P>0.05),Fu`s Fs为-15.100(P<0.01),核苷酸错配分布呈现多峰,EBSPs分析显示新疆托氏兔在距今大约0.01 Ma时发生过种群扩张。基于线粒体2个基因的综合分析结果表明,新疆托氏兔具有丰富的遗传多样性和较明显的系统地理分布格局;西域亚种的北部和西北部组群间存在较强的基因流和较小的遗传分化,但中亚亚种的中部和东部组群间出现了较大的分化,可能是由于较远的地理距离所致;此外,新疆托氏兔近期经历过种群扩张。