从宏基因组学的2个主要技术——扩增子测序与宏基因组测序出发，对其在微生物群落检测中的基本分析流程进行了介绍。概述了微生物群落多样性的概念、相关的统计分析原理以及相关分析结果的解析方法等。提出利用正处于蓬勃发展时期的大数据分析技术与手段来克服宏基因组学数据解析，并将分析结果用更易理解的形式展现出来是未来研究的重点和难点，也是从事环境微生物学、生物信息和统计学研究人员共同的挑战。
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