相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估

作者：刘雪梅; 李文; 黄管大; 黄天来; 叶宇中; 徐国皓

来源：华南理工大学学报(自然科学版), 2019, 47(06): 136-148.

• 相异度算法d2S
• 邻接法(NJ)
• k-mer
• 16S rRNA
• 噬菌体

在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中k=4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路.

• 单位
  华南理工大学