禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析

作者：丁峰; 李浩然; 王金英; 彭宏祥; 何新华; 黄小雄; 李平; 钟敏芝; 覃燕; 张树伟^*

来源：南方农业学报, 2021, 52(07): 1780-1789.

DOI：10.3969/j.issn.2095-1191.2021.07.006

• 荔枝
• 焦核突变体
• 全基因组重测序
• 变异分析
• SNP
• Indel

【目的】探究禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1的全基因组变异情况,为调控荔枝果实成熟期、解析焦核发生分子机制及选育焦核品种提供理论支持。【方法】通过荔枝种质资源普查发现1个禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1,对禾荔和GLL-1开展全基因组重测序(测序深度50×),对比分析GLL-1全基因组变异情况。【结果】与禾荔相比,GLL-1果实明显较大,品质优良,特晚熟,种子变为焦核,可食率明显提高。从GLL-1基因组获得320858674个高质量的Clean reads,定位到荔枝参考基因组的高质量Clean reads数占比为96.07%,正确识别率大于Q20的碱基占比为96.48%,正确识别率大于Q30的碱基占比为91.38%,基因组GC含量为35.28%,覆盖度(大于1×的碱基占比)为97.62%。检测到9306084个单核苷酸多态性(SNP)位点和759887个小片段插入和缺失(Indel)位点,共导致12621个基因发生变异,其中发生非同义SNP突变的基因8451个,发生Indel的基因4170个。许多与花色素苷生物合成相关的MYB、bHLH、WD40转录因子家族基因及参与ABA信号转导的重要家族基因(bZIP、WRKY、MAPK及PPR)均发生突变。【结论】MYB、bHLH、WD40、bZIP、WRKY、MAPK及PPR等家族基因的突变可能是导致GLL-1果实特晚熟及焦核发生的一个主要原因,推测其在调控荔枝果实发育和焦核发生中发挥关键作用。

• 单位
  广西农业科学院; 广西大学; 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室; 广西农业科学院园艺研究所; 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室