Nε羧甲基赖氨酸靶向清道夫受体CD36的分子对接研究

作者：王中群; 包正阳; 孙振; 严金川; 邵晨; 李丽华^*

来源：中华老年心脑血管病杂志, 2019, 21(05): 519-521.

• 受体,清道夫
• 抗原,CD36
• 泡沫细胞
• 糖尿病

目的观察Nε羧甲基赖氨酸(Nεcarboxymethyl lysine,CML)是否与清道夫受体CD36具有良好的分子对接,形成稳定的相互作用。方法使用免疫共沉淀技术研究CML和CD36相互作用,采用AutoDock 4.2、iBabel及XQuartz-2.7.7软件计算CD36与CML的结合模式和亲和力。结果免疫共沉淀显示,抗CD36抗体磁珠能够沉淀出RAW264.7细胞总蛋白中的CD36,通过抗CML抗体能检测出与CD36结合的CML。选择小分子化合物CML与最优的CD36胞外段4Q4B蛋白结构进行对接分析显示,化合物CML与CD36胞外段4Q4B蛋白结构的亲和力为-29.62kJ/mol。CML可占据4Q4B结合口袋开口的1/2左右,ARG82、ASN71和THR70为受体互作氨基酸。进一步的对接分析显示,CML可以与4Q4B形成3个相互作用的氢键,对接预测抑制常数6.92,均方根偏差2.54。结论 CML与CD36胞外段4Q4B蛋白结构具有较好的对接,可形成稳定的相互作用,氢键是主要的相互作用方式。

• 单位
  江苏省原子医学研究所; 江苏大学附属医院