水稻子预44和江南香糯基因组比较鉴定稻瘟病抗性相关基因

作者：李金璐; 张慧; 焦泽宇; 刘剑宇; 韩光煜; 卓晓轩; 罗琼^*

来源：中国水稻科学, 2020, 34(01): 8-16.

DOI：10.16819/j.1001-7216.2020.9066

• 水稻
• 稻瘟病
• 基因组测序
• 抗病相关基因

【目的】子预44是一具有广谱持久稻瘟病抗性的云南地方粳稻品种。为了鉴定子预44中候选稻瘟病抗性相关基因,【方法】本研究利用高通量测序技术(High-throughput sequencing)对子预44和感病水稻江南香糯进行了全基因组测序。而后使用软件GATK(3.4-46)对高质量测序结果进行SNP和InDel的检测和统计,进一步筛选出子预44和江南香糯DNA水平存在SNPs/InDels多态性抗病相关基因。【结果】通过HiseqX10 PE150平台分别获得了4 118 170 045 bp和2 995 054 509 bp子预44和江南香糯的基因组数据,比对到参考基因组(Ensembl release31)的比对率分别为98.56%和98.30%。在抗病水稻子预44和感病水稻江南香糯之间鉴定了922个纯合突变的差异抗病相关基因。结合基因定位结果,在子预44中鉴定了一个新的抗稻瘟病候选基因。【结论】研究结果为子预44中抗稻瘟病新基因的克隆提供了参考,对子预44广谱持久抗瘟分子机制的研究奠定了基础。

• 单位
  云南农业大学