本发明提供了一种壳聚糖溶液的水解方法及其应用。所述的水解方法采用分时段嵌合式控制壳聚糖溶解及酶解过程、控量程序加酶耦合超滤分离方法,高效获取目标低聚壳寡糖。该水解方法对于高浓度的壳聚糖溶液适用性很好,反应条件温和,反应过程易控制,显著提高了水解效率及目标壳寡糖得率,所制得的壳寡糖产品氧化程度低,品质较高,对生产功能性低聚壳寡糖具有重要意义,具有广阔的推广应用前景。