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摘要
目的:结合生物信息学手段和实验途径研究mRNA差异显示方法得到的胃癌相关差异表达基因片段的特性。方法:mRNA差异显示技术筛选出的9条胃癌相关基因EST片段,通过国际互联网基因组数据库资源,分别使用BLAST软件将所得到的序列与EST数据库和基因组数据库进行比对分析,获得胃癌表达基因片段的特征信息。应用5'RACE方法延伸序列I,BioEdit软件对延伸的序列进行ORF分析,Northern印迹检测其在各种胃组织中的表达。结果:3条序列与已知基因序列同源,1条序列与CD98A的外显子同源,1条与SPTAN1同源,1条与RPS24同源;显示有3条序列与非编码区长散布核元件LINE区域匹配;3条为新的EST序列,其中1条获得cDNA全长序列,具有完整的读码框,编码120个氨基酸,命名为gcI,定位于染色体10q21-22。Northern验证gcI在胃癌组织中表达上调。结论:利用生物信息学方法对胃癌差异显示序列进行筛选,筛选出3条序列与已知基因同源;3条序列为新EST。对其中1条克隆全长序列,它可能参与了胃癌的发病过程。
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单位天津医科大学; 天津医科大学总医院
