全基因组水平湖羊不同保种方式的可行性探究

作者：章晓炜; 刘莉君; 马敏彪; 曹丁壬; 王争光^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2021, (13): 54-146.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2020.09.0157

• 湖羊
• 冷冻胚胎
• 冻精
• 保种效果
• 活体保种
• 遗传多样性

为了在全基因组水平上探究冷冻胚胎和冷冻精液技术对湖羊种群多样性的保护效果,试验采用简化基因组测序方法对冷冻精液(1988年和1998年制备)湖羊群体、冷冻胚胎(1998年制备)湖羊群体及浙江省两个种羊湖羊保种场湖羊群体[即种群A(Asub1、Asub2群体)、种群B(Bsub1、Bsub2、Bsub3群体)、种群C(popC群体)和种群D(popD群体)]的共90只湖羊的遗传多样性及保种效果进行了研究,利用布鲁斯惠勒校准工具、GCTA软件、FastTree软件的ML算法以及Structure软件对不同群体的单核苷酸多态性(SNP)、群体遗传多样性与分化指数、个体间亲缘关系和群体遗传结构进行分析。结果表明:90只不同种群湖羊共存在3 353 529个SNP差异位点;所有群体均处于中度核苷酸多样性水平(0.273～0.325),通过GCTA软件能够将popC和popD群体基本划分开,但Asub1、Asub2、Bsub1、Bsub2、Bsub3群体互相汇集;除Bsub1群体样本基本相似度较高外,其他个体的分化关系相对不明显;湖羊群体的基因信息来源于3个祖先,其中Bsub1群体中的冷冻胚胎湖羊几乎遗失了祖先的信息,遗传多态性相对较低,而popD群体的遗传多态性最高。说明湖羊遗传多样性不高,种质资源较贫瘠,亟需进行种质资源保护;冷冻精液保种能有效维持群体核苷酸的多样性,对于种质资源的保护起到了一定效果;现有的活体保种与冷冻胚胎和冷冻精液相比,同样能够很好地保存生物体的遗传多样性。

• 单位
  浙江大学; 动物科学学院