山核桃属叶绿体基因组微卫星特征分析及分子标记开发

作者：娄文睿; 莫正海; 杨旭风; 翟敏; 郭忠仁; 宣继萍

来源：分子植物育种, 2021, 1-9.

• 山核桃属
• cpSSR标记
• 叶绿体基因组
• 薄壳山核桃

本研究利用山核桃属6个不同物种的叶绿体基因组(chloroplast genome DNA， cpDNA)序列信息，分析其简单重复序列(chloroplast simple sequence repeat， cpSSR)特征及开发分子标记。结果表明，山核桃属各物种叶绿体平均长度163 048 bp，每个基因组平均有224个微卫星，cpSSR分布频率平均约为1.37个/kb。山核桃属cpSSR以A/T类型的单核苷酸重复基序为主，占微卫星总数的85.79%，各物种碱基重复基序类型较为一致；cpSSR在叶绿体基因组上的分布主要集中在大单拷贝区(large single copy， LSC)和小单拷贝区(small single copy， SSC)，在两个反向重复序列(inverted repeat sequence， IRa和IRb)分布最少；山核桃属各物种cpSSR主要分布于cpDNA的非编码区。以薄壳山核桃的cpSSR为基准，其它物种与其进行Blast比对，结果发现共有62种cpSSR (包括34种完全型，28种复合型cpSSR)具有种间差异，对具有种间差异的cpSSR进行引物设计，共成功设计出61对引物。以山核桃属5个物种共9个样品的DNA为模板，对这61对引物进行PCR扩增。选用的61对引物中有49对引物扩增出的产物有目的条带，其中6对引物扩增良好，在种间具有明显的多态性。本研究为山核桃属植物的遗传多样性、系统发育、种质资源鉴定等研究提供理论基础。

• 单位
  江苏省中国科学院植物研究所