基于RAD-seq简化基因组测序估算狼山鸡分子亲缘系数和近交系数

作者：曹愉夏; 韩威; 李国辉; 邹剑敏; 薛倩; 张会永; 殷建玫; 朱云芬; 苏一军; **华^*

来源：中国家禽, 2019, 41(10): 14-19.

DOI：10.16372/j.issn.1004-6364.2019.10.003

• 狼山鸡
• 简化基因组测序
• 分子亲缘系数
• 分子近交系数

为准确度量狼山鸡保种群体的近交统计量,并比较不同算法在近交统计量度量中的可靠性,研究以国家级地方鸡种基因库保存的狼山鸡为研究对象,通过RAD-seq简化基因组测序获得高密度SNP信息,并计算两种分子亲缘系数(kin1和kin2)和四种分子近交系数(FROH、FGRM、FHOM和FUNI)。结果表明:kin1对系谱记录中全同胞、半同胞的检出率较高(93/117);FGRM、FHOM和FUNI三种分子近交系数两两之间极显著相关(P<0.01),FROH(FROH>100、FROH>1 000和FROH>3 000)与FGRM、FHOM和FUNI的相关系数较低,仅FROH>100与FHOM达到极显著正相关(P<0.01)。基于高密度SNPs估算的kin1为较准确的狼山鸡分子亲缘系数,可用于狼山鸡保种群的系谱校正;高密度SNP标记有利于检测到短的ROH,同时提高FROH与FGRM、FHOM和FUNI的正相关性。

• 单位
  中国农业科学院家禽研究所