近些年,随着政府经济体制的转型及事业单位分类改革的推进,旧的会计制度已经越来越不能满足政府对于财务信息的需求。而科技制度的深化改革和创新驱动也极大地推动了科学事业单位政府会计改革的落地。笔者针对新会计制度下科研事业单位财务管理中存在的问题进行了探究与分析,并从内部监督、项目管理、系统升级、人才培养等方面提出了完善科研事业单位财务管理的有效建议,旨在促进单位更好地贯彻执行政府会计改革,提升财务和预算管理水平,为建立现代财政制度提供有力保障。