瞿昙寺是明清时代河湟地区重要的藏传佛教寺院,早已引起学界关注。但是,瞿昙寺历史上的一些基本问题迄今仍未厘清。本文中笔者根据《明实录》、《清实录》、《安多政教史》、《塔尔寺志》等藏汉文史料,在前人研究基础上,对瞿昙寺历史上的大国师、国师及5个活佛转世系统的传承做了考证,指出了文献中的记载分歧和亟待解决的问题。附录是两篇与本主题相关的重要文献。