多重PCR引物在Xp11.2易位/TFE3基因融合中的应用

作者：叶胜兵; 李锐; 夏秋媛; 王小桐; 王璇; 章如松; 时姗姗; 马恒辉; 陆珍凤; 饶秋^*

来源：中华病理学杂志, 2019, 48(12).

目的对Xp11.2易位/TFE3基因不同融合类型设计多重PCR引物, 证实多重PCR联合Sanger法测序的可行性, 旨在探讨引物设计的重要性。方法选取已通过高通量RNA-Seq测序证实TFE3融合类型的标本23例, 其融合类型包括PSF-TFE3 3种, PRCC-TFE3 3种, ASPL-TFE3 2种, FUBP1-TFE3 1种, NONO-TFE3 2种, RBM10-TFE3 1种, MED15-TFE3 1种以及MATR3-TFE3 1种共计14种, 对其用设计好的多重PCR引物进行PCR扩增并联合Sanger法测序进行验证, 该次实验分4个多重PCR反应, 包括14条不同基因的正向引物以及4条TFE3反向引物。结果 23例标本均与高通量RNA-Seq测序结果完全一致, 可见所设计的引物通过多重PCR联合Sanger法测序是可行的。结论该方法的优势在于利用4个多重PCR反应便可确定是否存在上述14种TFE3融合类型阳性, 并通过反向测序便可确定具体融合类型。因此从试剂成本方面考虑, 尤其在大批量标本的TFE3融合类型筛查过程中, 该方法较高通量RNA-Seq测序有很大的优势。

• 单位
  南京军区南京总医院