基于高通量测序的粉尘螨体内细菌多样性研究

作者：周小倩; 马杰; 王睿怡; 王若航; 吴毅强; 杨欣宴; 陈玉娟; 唐小牛^*; 孙恩涛^*

来源：中国血吸虫病防治杂志, 2022, 34(06): 630-634.

DOI：10.16250/j.32.1374.2022105

• 粉尘螨
• 细菌多样性
• 16S核糖体RNA
• 高通量测序

目的 探讨粉尘螨（Dermatophagoides farinae）体内细菌多样性。方法 取实验室人工饲养的粉尘螨，采用Illumina PE250高通量测序平台扩增测序细菌16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA, 16S rRNA)基因V4区，获得的原始序列经质控过滤后得到有效序列。采用Usearch软件、Silva数据库、Mothur软件对有效序列进行操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）聚类并分析细菌群落组成与alpha多样性指数。结果 共获得187 616条有效序列，根据序列相似性> 97%进行聚类，得到469个OTUs。OTU注释结果表明，粉尘螨体内细菌分属于26个门、43个纲、100个目、167个科、284个属。在门分类阶元水平，粉尘螨体内细菌主要注释到变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和酸杆菌门，其中变形菌门为优势菌门；在属分类阶元水平，罗尔斯通氏菌属、立克次体目未确定属、葡萄球菌属和鞘氨醇单胞菌属为优势菌属。在非优势菌属中，发现沃尔巴克氏体。结论 粉尘螨体内细菌群落组成具有较高多样性，个体间细菌群落多样性与丰度存在差异。

• 单位
  公共卫生学院; 皖南医学院