江西省三个地方鸡种群体有效规模的估算

作者：王樟凤; 朱学农; 饶昕昊; 肖月玲; 陈颖; 柴学文; 张仁颠; 饶友生

来源：中国家禽, 2016, 38(20): 10-15.

DOI：10.16372/j.issn.1004-6364.2016.20.003

• 宁都黄鸡
• 白耳黄鸡
• 安义瓦灰鸡
• 连锁不平衡
• 群体有效规模

在鸡1号染色体(GGA1)的Contig.060226.1上一个500 kb的区域选取30个SNP位点,研究江西省三个地方鸡种(宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡)的单核苷酸多态性及连锁不平衡模式,估算其不同世代的群体有效规模大小。结果显示:在鸡驯养的较早期阶段(t=769),各品种的群体有效规模较大,宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡分别为4 074、3 090、1 480;在鸡驯养的较晚期阶段,宁都黄鸡(t≤59)的群体有效规模为550,白耳黄鸡、安义瓦灰鸡(t≤45)分别为300、277。使用Sved模型对连锁不平衡系数r2及传递的物理距离进行拟合,结果发现:宁都黄鸡、安义瓦灰鸡拟合状况良好(P=0.0272,R2=0.9196;P=0.0193,R2=0.7276);白耳黄鸡虽未达到显著水平(P=0.3837,R2=0.2541),但也表现出逐步递减的趋势,其r2总变异方差的25.41%是由传递距离引起的。表明对宁都黄鸡、安义瓦灰鸡群体有效规模的估算相对准确,对白耳黄鸡群体有效规模的估算可能有偏。研究结果对于江西省三个地方鸡种特别是宁都黄鸡、安义瓦灰鸡的原位保存有重要的理论指导意义。

• 单位
  南昌师范学院; 南昌大学软件学院