意大利蜜蜂工蜂中肠SNP和InDel突变位点的挖掘及分析

作者：郭意龙; 张文德; 陈梦君; 蔡宗兵; 吴鹰; 孙明会; 康育欣; 鲍佳益; 徐细建; 陈大福^*; 郭睿^*

来源：环境昆虫学报, 2023, 45(01): 163-171.

• 意大利蜜蜂
• 单核苷酸多态性
• 插入缺失突变
• RNA-seq

本研究利用已获得的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂中肠的转录组数据对意蜂的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)和插入缺失(Insertion-Deletion, InDel)突变位点进行挖掘和分析，共鉴定到232 678个SNP位点，其中发生转换和颠换的SNP位点数分别为196 087和36 591个；最丰富的突变类型是G/A,最少的突变类型为T/G;分布在内含子的SNP位点最多，其次为外显子和基因间区；密码子突变类型为同义突变的SNP位点数最多，其次是非同义突变、终止子增加和终止子减少；此外，SNP位点所在基因可注释到50个GO条目和351条KEGG通路。共鉴定到38 715个InDel位点，最丰富的突变类型为移码插入，其次是移码缺失；分布InDel位点数较多的基因组区域为内含子和基因间区；另外，InDel位点所在基因可注释到50个功能条目和340条通路。研究结果丰富了西方蜜蜂Apis mellifera的SNP和InDel位点信息，并为开发和利用意蜂的新型分子标记提供基础。

• 单位
  江西养蜂研究所; 动物科学学院; 福建农林大学