2022年海南省新型冠状病毒奥密克戎（BA.1.1）变异株基因特征分析

作者：孙初阳; 邱丽; 李丹丹; 苏林梁; 蔡英桂; 邝仕壮; 陈海云; 吴庆梓; 甘晓婷; 王如敏; 曾云婷; 张亚淋; 潘正帆; 崔蕾; 遇晓杰; 马焱

来源：病毒学报, 2023, 39(06): 1642-1649.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004419

• 新型冠状病毒
• 奥密克戎变异株
• 基因特征

为进一步积累和完善海南省新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株病原学特点的认识，本研究对2022年海南省14例感染奥密克戎（BA.1.1）变异株病例进行新冠病毒基因特征分析。应用Illumina公司MiSeqDX深度测序平台进行全基因组序列测定，Nextclade在线分析平台和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和基因组特征分析，采用MEGA 10.1.8邻位归并法（Neighbour-joining）绘制系统进化树，结合流行病学调查进行回顾性溯源分析。海南省14例病例感染的奥密克戎（BA.1.1）变异株基因组高度相似，同武汉参考序列（GenBank No.NC＿045512）相比，存在63或64个核苷酸突变位点，39个核苷酸位点缺失，22204位点有9个核苷酸插入，引起43个氨基酸突变和16个氨基酸位点缺失。刺突（Spike, S）蛋白存在32个氨基酸突变位点，S1蛋白RBD区R346K是VOC/Omicron(BA.1.1)变异株特征性突变位点。14例病例分布在三亚市及外溢到周边陵水、儋州等市县，均为外省来琼感染者引发后续本地传播。海南省因输入病例引起本土新冠疫情的风险较大，应继续加强新冠病毒重要流行变异株的研究，持续开展新冠病毒基因型变异监测。

• 单位
  海南省疾病预防控制中心