我国高职院校已经从规模扩张转向内涵发展阶段,需要不断推进高职院校治理体系和治理能力现代化,其关键在于规范学校内部校院两级管理体制运行机制。通过访谈法和问卷法相结合,对高职院校两级管理体制改革进行分析,结果表明校院二级管理运行过程中存在权责利不清晰、运行机制不通畅、资源配置不合理等问题,提出注重营造外部环境、明晰两级管理主体的责权利边界、健全内部运行机制和合理配置资源等优化路径。