结核分枝杆菌耐药相关单碱基突变的计算方法比较

作者：李志远; 刘飞; 曹德民; 潘元龙; 律娜; 刘东鑫; 贺文从; 程城; 王亚楠; 赵雁林; 朱宝利

来源：微生物学报, 2021, 61(11): 3653-3666.

DOI：10.13343/j.cnki.wsxb.20210095

• 结核分枝杆菌
• 耐药基因
• 比较基因组学

【目的】耐药结核分枝杆菌(drug-resistantMycobacteriumtuberculosis)的产生给结核病(tuberculosis)的治疗带来巨大困难。【方法】使用基于全基因组测序的关联分析探究耐药强相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)突变,主要有GEMMA、phyc、plink。为了阐明其中最优的耐药相关SNP计算方法,本研究下载NCBI上已有的1504株结核分枝杆菌数据,并获取它们对于3种常见的一线抗结核治疗药物(isoniazid、rifampicin、ethambutol)的耐药性检验结果。并使用这3种耐药相关SNP计算方法计算与结核分枝杆菌耐药相关的SNP;并评估计算得到的耐药相关SNP在预测耐药表型的敏感性和特异性。【结果】发现通过phyc可以预测到最多的已知耐药相关SNP和最少的耐药无关SNP,而且phyc预测的耐药相关SNP的敏感性和特异性恒定大于52.49%。【结论】phyc在预测结核分枝杆菌耐药相关SNP中结果最准确,但考虑到运行时间和表型数据的更新,GEMMA和plink的结果也应作为参考。

• 单位
  中国科学院大学; 中国疾病预防控制中心结核病预防控制中心; 中国科学院微生物研究所