丁酸钠诱导K562细胞红系分化基因表达谱分析

作者：杨敏; 钱新华; 付素珍; 赵丹华

来源：实用儿科临床杂志, 2009, (03): 174-177.

• 丁酸钠
• 表达谱基因芯片
• K562细胞
• 红系分化 sodium butyrate
• expressional profiles microarray
• K562 cells
• erythroid differentiation

目的分析丁酸钠(NaB)诱导K562细胞后的差异表达基因,筛选出与红系分化相关基因,探索NaB的作用机制。方法应用Affymetrix公司的人类全基因组HG-U133Plus2芯片,检测0.5mmol/LNaB诱导K562细胞48h的珠蛋白基因变化及差异表达基因,筛选出与红系分化相关基因。应用反转录(RT)-PCR检测ε、γ、β、δ4个珠蛋白基因及2个红系分化相关基因KLF1及KLF3的表达,验证基因芯片结果。结果表达谱基因芯片结果分析显示:总探针组54675个芯片中,阳性表达数23175(42.4%),阴性表达数30693(56.1%)。信号比对数值(SLR)结果显示,表达上调(SLR>1)433个,包含340个不同的基因;表达下调(SLR<-1)171个,包含144个不同的基因。生物学功能分类发现所涉及的基因主要包括参与细胞及大分子代谢、细胞信号、生物学调节、细胞发育及细胞增殖等。7个珠蛋白中ε、Aγ、Gγ、β、δ珠蛋白基因表达均上调,而α及ζ珠蛋白基因无明显改变;表达上调或下调且与红系分化相关的有ALAS2、EGR1、LMO2、RUNX1、KIT、GYPA、GATA-2、KLF1及KLF3等29个基因。RT-PCR验证基因芯片结果可靠。结论NaB诱导K562细胞向红系分化;NaB可能通过调节ALAS2、EGR1、LMO2、RUNX1、KIT、GYPA、GATA-2、KLF1及KLF3等与红系分化相关的基因调控γ珠蛋白合成。

• 单位
  南方医院; 南方医科大学