中国经学史研究是吴雁南先生学术研究的主要内容之一。吴雁南先生对经学的研究,经历了由清代经学到心学、进而到王学、最后通中国经学史的历程。对中国经学的发展与演变、经学的特点、经学的影响以及经学的价值都进行了研究。吴雁南是在1949年以后经学长期遭受冷遇的情况下中国大陆最早重启经学研究的为数不多的重要学者之一。