针对柔性作业车间分批调度问题,提出一种基于双层编码的柔性分批调度算法。算法采用批量分割和工序调度相结合的双层编码方式,可同时对工件的批量分割和工序调度进行优化;并针对等量分批规则缺乏柔性的问题,提出一种FR柔性分批方法,使工件的批量分割可得到柔性调节。此外,该算法也考虑了生产车间的上期遗留任务问题。通过实例仿真分析,验证了该分批方法可有效减小子批数量,并明显缩短生产周期,同时也证明了该算法的有效性和可行性。