基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展

作者：蔡元锋; 贾仲君

来源：生物多样性, 2013, (04): 402-411.

• 转录组学
• RNA-seq
• 高通量测序
• 环境微生物学 transcriptomics
• RNA-Seq
• high-throughput sequencing
• environmental microbiology

环境微生物转录组学是一门新兴学科,它以复杂环境样品中的微生物mRNA为研究对象,利用近年兴起的RNA-Seq高通量测序技术,在整体水平上对环境微生物的基因表达水平和调控规律进行研究。本文概述了环境微生物转录组研究从样品的采集保存、RNA提取、mRNA的富集、cDNA合成直到高通量测序及数据分析的基本流程。总结了该技术面临的主要瓶颈:环境样品mRNA含量低、腐植酸等干扰杂质多、rRNA去除程度有限。针对RNA的提取、纯化以及mRNA的富集这些重点步骤,详细阐述了近年来在提高mRNA的得率与纯度上的方法学进展。重点介绍了高通量测序数据的处理及分析方法,从测序数据的质量控制、序列组装、rRNA的鉴定...

• 单位
  中国科学院南京土壤研究所; 土壤与农业可持续发展国家重点实验室