灭字脊虎天牛线粒体基因组密码子使用偏好性分析

作者:付兴飞; 李亚麒; 程金焕; 李贵平; 李亚男; 黄家雄; 杨旸; 胡发广
来源:江西农业学报, 2023, 35(06): 101-107.
DOI:10.19386/j.cnki.jxnyxb.2023.06.015

摘要

以筛选的16条灭字脊虎天牛(Xylotrechus quadripes)线粒体的CDS蛋白编码序列为研究对象,通过Codon W和CUSP在线软件对灭字脊虎天牛密码子进行组成分析。结果表明:灭字脊虎天牛线粒体基因组密码子不同碱基位置的GC含量不同,排序为GC3(47.14%)> GC1(46.85%)> GC2(33.98%),密码子偏好使用以碱基A/T结尾;中绘图分析显示GC12与GC3间无显著相关性(R=0.229,P=0.393),密码子第3位碱基可能与前2位碱基的构成不同;ENC-plot分析显示,16个基因离标准曲线一定距离,ENC的实际值与预测值有差异,密码子偏好性更多受到自然选择的影响;PR2-plot绘图分析,密码子第3位碱基使用具有偏好性,碱基使用频率表现为T高于A,C高于G;筛选出最优密码子17个,多以A/U结尾。灭字脊虎天牛线粒体基因组密码子偏好性较弱,对A/U碱基结尾的密码子具有偏好性,偏好性使用受突变动力、自然选择及基因表达等因素共同影响,但自然选择的影响更显著。

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