基于病毒宏基因组技术侦测牡蛎体内病毒

作者：黄晟; 姜敬哲; 王江勇; 许新

来源：南方水产科学, 2017, 13(05): 39-46.

• 牡蛎
• 病毒宏基因组
• 高通量测序

建立了牡蛎(Crassostrea spp.)病毒宏基因组研究方法,应用差速离心和蔗糖垫超速离心提取病毒样颗粒,核酸酶处理宿主游离核酸后提取病毒总核酸,经反转录、双链合成和核酸扩增获得足量DNA。高通量测序共获得1 661 809 000个碱基,包括6 647 236个读长(reads)信息,拼接后得到50 842个重叠群(contig),序列总长度达到14 239 389 bp。同时从reads质控图等多方面对测序数据进行分析与评估,显示测序数据质量良好。数据与病毒库进行比对,发现病毒序列来自于小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)和疱疹病毒科(Herpesviridae)2个科,类单纯疱疹病毒(Simplexvirus)、心病毒(Cardiovirus)和肠道病毒(Enterovirus)3个病毒属。

• 单位
  中国水产科学研究院南海水产研究所; 上海海洋大学; 生命学院; 农业部