低温胁迫对冰菜转录组水平响应分析

作者：赖正锋; 姚运法; 林碧珍; 练冬梅; 洪建基^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(22): 7348-7358.

DOI：10.13271/j.mpb.019.007348

• 冰菜
• 转录组
• 差异表达基因
• 淀粉和蔗糖代谢

利用二代高通量测序技术对低温胁迫处理的冰菜进行测序,构建冰菜转录组数据库。分别得到24.13 Gb有效数据和24 045条Unigene的注释,得到DEGs 1 902个(T0 vs T1)和2 134个(T0 vs T2)。T0 vs T1组和T0 vs T2组分别有40和41个功能小类化归GO数据库;分别有20和24个功能分类注释到KOG数据库;155和272条基因注释到KEGG数据库,并分别富集在74和105条代谢通路。T0 vs T1组DEGs主要注释到植物信号转导等4个代谢通路;T0 vs T2组DEGs注释到苯丙醇类生物合成等11个代谢通路,其中正向影响代谢途径:丙酮醇类生物合成、嘌呤代谢、谷胱甘肽代谢、脂肪酸代谢、类黄酮代谢、氨基酸的生物合成代谢途径等;负向影响代谢途径:植物-病原互作、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢等途径。通过对淀粉和蔗糖代谢途径关键基因分析表明:低温胁迫1 h (T1),海藻糖6-磷酸合酶、海藻糖-6-磷酸酯酶、β-淀粉酶、葡萄糖-1-磷酸腺苷酰转移酶、糖原磷酸化酶等5个关键基因表现为上调表达,未见下调表达基因;低温胁迫36 h (T2),海藻糖-6-磷酸合酶、己糖激酶、β-淀粉酶等3个关键基因上调表达,葡萄糖内酯-1,3-β-葡萄糖苷酶基因下调表达。选取淀粉和蔗糖代谢途径中8个DEGs,经RT-qPCR分析,8个DEGs的相对表达量与转录组表达水平相符。

• 单位
  福建省农业科学院