基于SLAF-seq技术的舒玛栎群体遗传多样性与遗传结构分析

作者：何旭东; 郑纪伟; 教忠意; 窦全琴; 黄利斌^*

来源：南京林业大学学报(自然科学版), 2022, 46(02): 81-87.

• 舒玛栎
• 遗传多样性
• 遗传结构
• SLAF-seq
• SNP

【目的】对美国引进的不同种源舒玛栎群体进行遗传多样性与遗传结构分析，揭示其遗传分化特点及单株间遗传关系，为舒玛栎种质资源的保护与品种选育提供理论依据。【方法】以舒玛栎6个种源30个单株以及外类群纳塔栎5个单株为材料，基于SLAF-seq技术进行简化基因组测序，开发一批SNP标记并选择其中多态性的SNP标记进行基因分型。利用GenAlex、Arlequin、MEGA、Admixture和Cluster等软件进行遗传多样性参数估算、F统计量及分子分差分析、进化树构建、遗传结构与PCA主成分分析。【结果】35个栎树个体SLAF测序平均深度11×,碱基质量(Q30)平均为93%,GC含量平均为38.9%。共获得4 256 436个SLAF标签，开发多态性SNP标记8 459 025个，SNP完整度平均为79.29%,杂合率平均为14.15%。舒玛栎6个种源平均有效等位基因数为1.31个，多态性位点比例平均为49.21%;观测杂合度(Ho)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.13～0.16和0.17～0.21;多态信息含量(PIC)、香农指数(I)、Nei’s基因多样性指数(H)和群体内的近交系数(FIS)平均值分别为0.15、0.34、0.09和0.19。不同种源间Nei’s遗传距离和遗传分化系数(FST)变化范围为0.08～0.18和0.15～0.39。分子方差分析表明舒玛栎遗传变异主要来自个体间。遗传结构分析显示30个舒玛栎个体来源于3个原始的祖先。【结论】舒玛栎群体遗传多样性水平较高，群体间遗传分化程度较大，在品种选育中应注重群体内个体优树的选择。

• 单位
  江苏省林业科学研究院